ตาโกะ ผู้จัดการแผนกโฆษณากำลังหาวิธีที่จะเรียกความสนใจของผู้ชมรายการโทรทัศน์ ได้รับการบอกเล่าเกี่ยวกับสัตว์ประหลาดบนเกาะแห่งหนึ่ง จึงได้ส่งช่างถ่ายหนังชื่อ ซากูไร และฟูรูเอะ ไปยังเกาะฟาโร เพื่อสืบหาเจ้าสัตว์ประหลาดตัวนั้น ขณะเดียวกันองค์การสหประชาชาติ ได้ทำการส่งเรือดำน้ำพลังปรมาณูไปสำรวจแถบขั้วโลกเหนือเนื่องจากมีแสงประหลาดสะท้อนออกมา ทันทีทันใดพวกเขาได้เห็นก๊อตซิลล่าโผล่ขึ้นมาจากหิมะ ทำลายทุกสิ่งที่อยู่ในทางเดินของมัน ในป่าบนเกาะฟาโร คิงคองก็ได้ปรากฏตัวออกมาบนชายหาดกำลังต่อสู้และฆ่าปลาหมึกยักษ์ คิงคองคว้าผลไม้สีแดงมากินจนทำให้สลบไป ในระหว่างนั้นพวกชาวบ้านเริ่มตีกลอง และเต้นรำรอบตัวมัน ซากูไร และฟูรูได้สร้างแพและมัดเจ้าคิงคองไว้อย่างแน่นหนาในระหว่างที่มันสลบอยู่ เพื่อที่จะเอาเจ้าคิงคองกลับไปยังโตเกียว เวลานั้นก๊อตซิลล่าได้มาถึงทะเลสาบซูเซ็นจิในประเทศญี่ปุ่น มีการยิงด้วยอาวุธใส่มันแต่สุดท้ายก็มี 2 ตัวเลือก ที่จะจัดการกับก๊อตซิลล่ากับคิงคองนั้นคือระเบิด H หรือจะเอาคิงคองสู้กับมัน การประจันหน้ากันระหว่างก๊อตซิลล่ากับคิงคอง ได้เริ่มขึ้นอีกครั้งอย่างดุเดือดที่ภูเขาฟูจิ ใครจะเป็นผู้ชนะ
